تتمحور القصة حول طالب في المدرسة الثانوية يدعى "هاتشمان هيكيجايا" وهو انسان غير اجتماعي لا يملك صديق أو صديقة وأنسان غير مسؤول. عندما يرى زملائه في المدرسة يتكلمون عن حياتهم كمراهقين يتمتم قائلا ” انهم مجموعة من الكذابين “، وعندما سئل عن احلامه المستقبلية، جاوب ” عاطل عن العمل “، فيجبر من قبل استاذه أن يتلحق بنادي الخدمات والتي من أعضاءه ” يا محاسن الصدف “ أجمل وأفتن فتاة في المدرسة وتدعى "يوكينو".
القصة تدور حول بوجي وهو أمير أصم وضعيف لا يستطيع حمل حتى سيف صغير ويسعى جاهدًا لأن يكون ملكًا لكونه الابن الأكبر للعائلة الحاكمة، إلا أن الناس حوله يتحدثون عن كونه ميؤوسًا منه. يتخذ يوجي صديقًا له و هو كاغي (الظل) و هو حرفيًا ظل على الأرض ويستطيع فهم بوجي، لتبدأ حياة يوجي بالتغير تدريجيًا.
في العاشر من أغسطس آب من عام 2010 قامت إمبراطورية بريطانيا العظمى بقهر القوات اليابانية و استولت على البلاد مستخدمة أسلحة آلية متطورة تدعى (الكابوس). وفي أقل من شهر , فقدت اليابان حريتها و حقوقها و تم تبديل مسماها إلى المنطقة الحادية عشر , و أجبر السكان على العيش كأقليات تتوزع في أحياء فقيرة و مشتتة على عكس الغزاة البريطانيون الذين يعيشون في مستعمرات من الدرجة الأولى. هذا الأمر كان له الأثر البالغ في ضمير الثوار الذين لازالوا صامدين و مصرين على المكافحة لنيل استقلالهم. و أيضاً كان لهذه الأحداث تبعاتها السيئة على فتى يدعى ليلوش حيث أفقدته والدته وتسببت في إعاقة شقيقته لذلك أقسم على تحطيم بريطانيا , و بعد سبع سنوات يلتقي بفتاة غامضة تمنحه قوة الغيس وهي القوة التي لطالما رغب بامتلاكها للانتقام لوالدته و لبناء عالم يمكن لأخته من أن تعيش فيه بسعادة
يفقد الأخوان “ألفونس” و “أدوارد” أمهما إثر مرض عضال.. عندها يقومان بإستخدام قوة الخيمياء المحرمة لإرجاع روح أمهما.تفشل تلك العملية حيث يفقد الأخ الأكبر “إدوارد” رجله اليسرى بينما يتخلى أخوه الأصغر عن روحه كي يقوم بحماية أخوه كنتيجة حتمية لإستخدامها شيئاً محرماً. يُضحي “إدوارد” بيده اليمنى حتى لا ينتقل أخوه لعالم لا عودة منه ويقسم حينها بأن يحصل على حجر الفلاسفة حتى يستطيعا العودة لسابق عهدهما ويحافظ على روح أخيه حتى لو أضطر لأن يكون مجرد حالة خيميائه تقوم بإستخدامها الأبحاث العسكرية.
يحلم”روكورو ” بأن يصبح أيّ شيء ما عدى أن يكون طارد أرواح لكنّه سرعان ما يفشل في محاولاته ، عندما ظهرت طاردة أرواحٍ أخرى تدعى بـ “بينيو” ، إشتعل “روكورو” بروح التنافس فجأة و قرّر إستخدام موهبته في منفعة الجميع . إزداد تنافسهما تعقيداً عندما علما أنّه مقدّرٌ لهما أن يكونا “طاردي أرواح النجم التوأميّ ” أي المقاتلان المطلقان المقدر لهما بالزواج . عندما إختفى” ريوغو ” أفضل صديق لـ ” روكورو “، أُجبر على طلب المساعدة من” بينيو ” للدخول إلى ” ماغانو ” ، أرض الـ” كيغاري ” الملعونة لإنقاذه .
