تدور أحداث القصة في مدينة مثالية “NO.6″ في عام 2013 تم الحكم على -شيون- بأنه “أعلى مرتبة الاستخبارات” عندما كان عمره سنتين ، و كان يسمح له بالعيش في منطقة فخمة ”كرونوس”. في عيد ميلاده الثاني عشر ، التقى صبيا جميلا يسمى ”نيزومي” الذي هرب من الإصلاحيه.قام شيون بحمايته ، ولكن مكتب الأمن العام قاموا بحرمه من جميع الامتيازات وطردته من كرونوس الى “المدينة المفقودة”. بعد أربع سنوات من النفي، حدث حادث غامض يقود شيون لسر المدينة NO.6

القصة حول شاب في الثانوية الذي جل اهتمامه هو فتيات الألعاب والانمي. يقابل فتاة على أرض الواقع تحوي كل المواصفات التي لا تعجبه ولكن يبدو أنها متمسكة به.